La crittografia garantisce la riservatezza della corrispondenza.  Per crittografare i messaggi si possono usare i certificati di autenticazione,  usati anche per la firma dei messaggi,  residenti su Smart Card o Business Key.  In questo caso le chiavi di cifratura sono tenute esclusivamente all’interno di questi dispositivi e,  non essendo possibile estrarle,  garantiscono la massima segretezza.
Per crittografare un messaggio indirizzato a qualcuno, tuttavia, bisogna conoscere il suo certificato.  A tal fine è sufficiente ricevere da questi un messaggio firmato e conservare,  in Webmail o Outlook o Thunderbird, il suo certificato di firma che poi si può utilizzare per crittografare successivi messaggi.

I principali strumenti di gestione della posta elettronica permettono di effettuare agevolmente queste operazioni.  Si consiglia di salvare questo tipo di messaggi in forma leggibile per evitare problemi in caso di smarrimento del dispositivo contenente il certificato di autenticazione. Infine bisogna tenere presente che la crittografia,  mascherando il contenuto del messaggio,  rende inefficace i controlli antivirus effettuati nei server di posta elettronica.

Per bloccare i virus è importante che la stazione di lavoro di chi riceve posta crittografata sia dotata di un valido strumento antivirus,  continuamente aggiornato.  Solo in questo modo,  infatti, è possibile riconoscere un eventuale virus nel momento in cui il messaggio viene interpretato e reso visibile in formato leggibile.