La posta certificata garantisce la riservatezza delle comunicazioni.  In particolare l’accesso alla casella di posta pec e lo scambio di messaggi certificati avviene tramite protocolli di comunicazione sicuri,  sia via Outlook e Thunderbird, sia via Webmail.  L’invio di messaggi a caselle email non certificate,  invece,  espone la comunicazione a rischi significativi dal punto di vista della riservatezza. Tuttavia se il mittente e il destinatario possiedono certificati digitali adeguati è possibile crittografare il messaggio in modo da impedirne la lettura a chiunque altro.